ffmpeg:動画の拡張子変更（MTStoMP4)

PCで動画を見たい時、マックユーザーの天敵はとりあえず
*.MTS
であろう。

これを無害なmp4にかえるには、Macportを使う。
sudo port install ffmpeg
して、

ffmpeg -i input.MTS -vcodec libx264 output.mp4

でok。

もろもろオプションで帰る事もできるようだけど、

一番簡単な方法を紹介した。

R:近似曲線のひき方

撒布図なんかによくある近似曲線の書き方。

例えば貝殻の殻口と殻幅について

plot(ShellLength ~ ShellWidth)

とプロットしたとすると、

 result <- lm(ShellLength ~ ShellWidth)

 abline(result,col="red")

で赤い近似曲線が引ける。簡単。

ちなみに

 text(10,25,substitute(paste(R^2,"=",x),list(x=round(summary(result)$r.squared,digits=5))))

で赤い字でR^2値が出てくる。

ImageJ:マニュアルトラッキング方法

毎回忘れるのでImageJを使ったトラッキング方法を。
PluginsにManual Tracking導入済みが前提。（わからなかったらggること）

まずImageJを起動します（真顔）

おもむろに
Plugins - Macros
内の
to8bits
を選び、撮影した一連の写真が入っているファイルを選択
ごりごりと変換が進むのでコーヒーを入れ、達観した顔で一服。

終了したら、
File - Import - Image Sequence...
から該当ファイルに作成された
8bit
という名前のファイルを選択
このとき読み込むオプションで、拡大率を50%位にしてあげるとメモリにやさしい

表示されたら
Plugins - ManualTracking
を起動して、さあ本番だ。

まず一番下の数値をいじる。詳細なデータでなくていい、そんなことよりトラッキングだ！の人は必要なし。
今回の場合は、
xy軸の縮尺
各写真のインターバル
を設定。

そしたらいよいよトラッキング。
Add track
をクリックして、写真のトラッキングしたい所をクリック。
次の写真に自動で移ったら成功。どこまでもトラッキングだ！
自動で移らなかったあなたはおそらく8bit変換かファイル選択時に
out of memory
とでているでしょう。写真の容量が大きすぎて最後読み込めなかったってことです。
ガンバレ！

で、終わったら点と線でつながれたやつがでてくるので、スカサズスクショ。
後からも画像で保存できる（らしい）けど勉強中。
トラックした結果はテキストで保存するとRとかでまたグラフ化できてgood。

Port:画像の変換

スクショなどの画像を他のepsなど拡張子に変換する方法

ちょっとわからんかったのでggってみた
すると、ImageMagicなるものがあるらしい・・・？

どれどれ、
sudo port search ImageMagic
してみると

ImageMagick @6.8.9-0 (graphics, devel)

    Tools and libraries to manipulate images in many formats

おお！あるやんけ

ではでは

sudo port -v install ImageMagick　#-vはバグのでないおまじない

でインストール！

するすると依存系が入っていき、ささっとインストール完了。

で、ためしに

convert input.eps output.png

してみる

convert: iCCP: extra compressed data `input.eps' @ warning/png.c/MagickPNGWarningHandler/1832.

convert: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited `input.eps' @ warning/png.c/MagickPNGWarningHandler/1832.

ムム、適度なエラー。でもちゃんとできてるみたいだ。

Latex:数式（同位体ver.）

同位体の値を修正する時に使う式

dX=(Rsamples/Rstandard -1) × 1000

は、行を変えて

\[ \delta X = (\frac{R_{sample}}{R_{standard}}-1) \times 10^{3} \]

でだいたい大丈夫。

細かいところは、まぁ、察して。

R:作業ディレクトリの移動

いちいち
q()
でRを終了して作業ディレクトリを探して・・・
みたいなトーシロ的作業はおしまい！

setwd(“../wd1/“)

Latex:文字の大きさ

もういちいち検索するのは嫌！

\tiny
\scriptsize
\footnotesize
\small
\normalsize
\large
\Large
\LARGE
\huge
\Huge


こんなもんだろ！大きさなんて飾りです

Latex:参考文献の上部にでる”参考文献”を消す

Latexで参考文献をつくると上部に

参考文献
[1]　ほげげ
[2]　あばば
[3]　あらら

とでるが、sectionで参考文献を指定してるとこれが結構邪魔。

そんな時は、プレアンブルにて

\makeatletter

\renewcommand{\refname}{}

\makeatletter

のおまじない。{}内を書くとそのように”参考文献”を変えられる。

Latex:参考文献のソート方法を変える

Latex文章の参考文献の表示方法を変えたい！


具体的には、引用として出た順にしたい。

\bibliographystyle{jplain}

だと文献リストがまずabc順にソートされ、引用する箇所に挿入されていく。
これでは読み進めていくとき最初に出てくる文献が

水は飲めるのである[23,5,12]

とかになり、参考文献リストを探さないと行けなくなる。
あくまでも参考文献はよみながら参照していくので、引用した順に並んでいてほしい物である。
そこで、

\bibliographystyle{junsrt}

とすればよい。これで引用される順にリストが作成される。

Latex:目次の表示

Latexで文章を作った時に目次を付けたい

どこでもいいので

\tableofcontents

を入れる事。

このとき、 \section ごとに目次が作られるので参考文献や図表を

\bibliography

などで指定していた時は直前に

\section{参考文献}

を入れる等注意が必要。

Latex:図表の挿入

Latexでつくる文章での図表の挿入について

図は

\begin{figure}[p]

 \begin{center}

  \includegraphics{入れたい図.eps}

 \end{center}

 \caption{図の名前}

 \label{fig:1}

\end{figure}

で挿入。

\begin{figure}[p]

は[p]でページ変えて新しいページに図を挿入するサイン。

他のはhttpみたいな暗号があるのでggrks。

図の形式はepsだと幸せになれそう。

 \label{fig:1}

で引用の時の暗号。{}内は任意みたいだけど　fig:　は動かさない方が吉。

引用する時は

\cite{fig:fna}

ていれれば大丈夫。オプションで参照方法が変わるけど知らん。

表は

\begin{table}[p]

　\begin{center}

   \caption{表の名前}

  \begin{tabular}{|f||n|sh|su|} \hline

    ほげげ & えへへ & おほほ & あはは \\ \hline \hline

    なんやて & そやかて & なんだって & そういったって \\ \hline

  \end{tabular}

  \end{center}

    \label{tb:表}

\end{table}

みたいな感じ。表は新しく作成する様かな。

表なのでキャプションは上に入れる。

\beginの２つ目の{}で縦のラインを、各項目の\hlineで横のラインを入れる。

\labelで指定しておけば

\cite{tb:表}

と引用もでける。オプションで参照方法が変わ(ry

Latex:引用文献

Latexで論文書く時のメモ。日本語用。


reference.bibでbibtex使う時は、

\newpage

\nocite{*}

\bibliographystyle{jplain}

\bibliography{reference}

を最後に入れると最後に全部参考文献を入れてくれる。

\nocite{*}

で全部、入れない場合は引用した部分だけ。

test

まてめそ

生物学、R、Rubyなどについてわかったこと、気になった事をまとめておくメモ帳。
もしかしたらEvernoteなんかについても書くかも。