R:区分回帰

区分回帰分析のまとめ（できたところまで）


データは
data.frame( )
などでまとめてから使用した．

test.lm <- lm(y~x, data)
test.seg <- segmented(test.lm, ~x)

プロットするなら，
plot(data)
par(new=T)
plot(test.seg)

近似直線は
test.seg$psi
で出たけど一個分だけのような．

まだまだウヌヌな状態．

imagej:動画トラッキング（まとめ）

最終的にトラッキングがサクサクできるようになった（みたい）なので，
ここらでまとめておく．

まず，pluginのManual trackingとSlice keeperを入れます（真顔）．
この辺りはググるなりなんなりすれば大丈夫．
.javaを落としておいて，Pluginsからinstallなどすればなおよし．

動画はデジカメなどで撮影したもの（.MOV）を想定して解説．
前回を参考に，動画の拡張子を変更しておきます．
念のため，コマンドは
ffmpeg -i imput.MOV -f avi -vcodec  mjpeg output.avi 

まず動画を開き，フレーム数を確認します．
（例えば15分の動画で27000フレームなら，一秒間に30フレーム）
PluginsからSlice keeperを起動し，動画からn秒ごとの画像を切り出して.tiffにします．
（上の例とすれば，10秒ごとに切り出すなら300フレームごとに切り出し）
.tiffが表示されたら，任意の場所に保存．
あるいはManual trackingを起動して，ガンガントラッキングしていく．
ただ，線分を任意の場所に引っ張ってAnalyzeからSet scaleしておくのを忘れない．

多分これで大丈夫．後はエクセルなりナンバーズなり
適当に解析すれば良いのでは．

今回の作業ではある点と各トラッキングの距離を求めたかったので，
その自動化について追加でちょっと調べる．

imageJ:動画（avi）のトラッキング

撮影した動画（.MOV）の解析のイロハ．

まずffmpegを使って拡張子をmovie.aviに変換する．
ffmpeg -i imput.MOV -f avi -vcodec  mjpeg output.avi 
重い場合もあるけれど，PCの容量が許す限り変換していた．

imageJにはManual Trackingを導入しておく（真顔）．
詳細は前回を参照．

できれば動画を30秒ごとに画像にしたりしたいけど，
ffmpegで瞬殺できなかったので次回に持ち越す．

ImageJ:マニュアルトラッキング方法 ver.2

前回投稿したトラッキングについて、補足というか。
前回のものは読みにくいしプリインストールじゃないものが含まれていた。

えーまずはto8bitsについて。
いきなり写真をあげてトラッキングすると重いので、スクリプトを
マクロとして読み込ませて使用している。
「imagej 8bit 変換」
とか調べると、それっぽいサイトのそれっぽいテキストが晒されているので
華麗にコピペ、使用すればいいのでは。

デスクに新しくMac miniを購入したので初期設定のついでに更新。

R:白地図の作成、あるいはeps形式での保存

白地図の作成は権利の関係でナニヤラ難しいところがありそう。

ここではとりあえずどんな方法があるか、という軽く触れる程度にしておく。


よし、Japan.rdsというファイルを手に入れたとしよう。
諸君には「白地図　R」とかでググって何とかして欲しい。

spというライブラリがあると捗るので、
install.packages("sp")
もう持っている修羅なアナタは
library(sp)
などとしてゲッツして欲しい。

んで、あとは
jpn <- readRDS("Japan.rds")
でよみこんで、

makemap <- function(xlim,xmax,ylim,ymax,i){
  plot(jpn,
   xlim=c(xlim,xmax),
   ylim=c(ylim,ymax),
   lwd=i
  )
}
なーんていうスクリプトでも組んでみたら、何度も
欲しいところが出るまでリレーできる。頑張れ。

もし必要なら
makeEps <- function(names){
 nm <- paste(names,".eps",sep="")
 dev.copy2eps(file=nm)
dev.off()
}

なーんてスクリプトを組んでおくとイイノデハ。

いやいやpostscriptでイイデショ、という方はそれはそれ。

ffmpeg:動画の拡張子変更（MTStoMP4) ver.2

ffmpegについての記述が変更されたので追記。

ffmpeg -i input.MTS -strict -2 output.mp4

ですな。

R:画面四分割して右下にlegendつける

超ニッチ。

こんな感じのグラフ（jpgじゃないと読み込めない？まさかそんな！）
が欲しい時のTips。

まず画面を四分割して、

par(mfrow=c(2,2))

一つ一つグラフを描画。screenで指定しなくてもいいんだろうけど、

スクリプト描くときはこれあると出来上がりをイメージできて好き。

screen(1); plot(1:7)

screen(2); barplot(1:7)

上のように違うプロット方法もできるし、下のようにsourceなどをつかってながなが書きがちな部分を省略もできる。

screen(3); source("graph.r")

んで、肝心の文字だけの部分だけど、普通にtextとかで描こうとすると

「グラフ書いてないよ！」とか怒られる。

そこで、

screen(4); plot.new()

とかやって騙す。あとは

           legend("topleft",legend=c("hogera",box.lty=0)

とかなんとか書いてやればok。textでもできるんだろうけど、

今回は座標を指定しなくても勝手に考えてくれるlegendを採用。
box.ltyはlegendの枠線指定なので、今回は書かんでええでの0(ゼロ)。

legendの前に

           par(font = 3)

を書いておけば判例でも斜体が使えるゾ！

あとは前に紹介したような方法で保存してやればバッチリ。

これであなたの修論もバッチリ！（白目）