2015年1月10日土曜日

R:地図の描画

Rで地図を描くテクニック。
パワポなんかで発表するとき地図の下に転載元を描くなんてナンセンス。

まずRのなかでライブラリを呼び出して準備。
library(ggplot2)
library(maptools)
無いよ、なーんて言われてしまった準備不足のアナタは
install.packages("********")
のおまじない。******はパッケージ名。

んで、おもむろにshpファイルを開くんだが、
まてまてそんなんもってないぞ、というアナタは
japan_ver72
なんかでググって見つけるといい。見つからない時は他の人のブログをみて探すのだ。

同じディレクトリに入っていれば解凍してすぐ
dtl <- readShapePoly("japan_ver72/japan_ver72.shp")     #市町村レベル
ken <- readShapePoly("japan_ver72/japan_ver72.shp")     #県レベaル
plot(*******)  #*******は上の変数どっちでも。
綺麗な日本地図が手に入っただろうか。これで日本はアナタのものだ。
あとは緯度経度を指定してそのすばらしさをほしいままにしたらいい。
色なんか変えるのはスライド用ならいらない。太さは
lwdで変えられる。

例として任意の太さで地図が書ける超簡単なスクリプトを上げておくので、参考にしたらいいかしらん。これで石垣島の地図が手の中に。
使い方は、テキストに保存してsource("***")で指定するかRに直接ぶちこんだあと、
makeIshigaki(3)  #( )内の数字で線の太さを指定する
すればいい。時間がかかるかもしれないが気にせずコーヒーでも入れて待っていればいいだろう。

makeIshigaki <- function(max){
for (i in 1:max){
 plot(dtl,xlim=c(124,124.5),ylim=c(24.4,24.5),lwd=i)
 names <- paste("ishigaki",i,".eps", sep = "")
 makeGraph(names)
}
}

2014年12月24日水曜日

ffmpeg:動画の拡張子変更(MTStoMP4)

PCで動画を見たい時、マックユーザーの天敵はとりあえず
*.MTS
であろう。

これを無害なmp4にかえるには、Macportを使う。
sudo port install ffmpeg
して、

ffmpeg -i input.MTS -vcodec libx264 output.mp4
でok。

もろもろオプションで帰る事もできるようだけど、
一番簡単な方法を紹介した。

2014年12月16日火曜日

R:近似曲線のひき方

撒布図なんかによくある近似曲線の書き方。

例えば貝殻の殻口と殻幅について
plot(ShellLength ~ ShellWidth)
とプロットしたとすると、
 result <- lm(ShellLength ~ ShellWidth)
 abline(result,col="red")
で赤い近似曲線が引ける。簡単。

ちなみに

 text(10,25,substitute(paste(R^2,"=",x),list(x=round(summary(result)$r.squared,digits=5))))
で赤い字でR^2値が出てくる。

2014年4月28日月曜日

ImageJ:マニュアルトラッキング方法

毎回忘れるのでImageJを使ったトラッキング方法を。
PluginsにManual Tracking導入済みが前提。(わからなかったらggること)

まずImageJを起動します(真顔)

おもむろに
Plugins - Macros
内の
to8bits
を選び、撮影した一連の写真が入っているファイルを選択
ごりごりと変換が進むのでコーヒーを入れ、達観した顔で一服。

終了したら、
File - Import - Image Sequence...
から該当ファイルに作成された
8bit
という名前のファイルを選択
このとき読み込むオプションで、拡大率を50%位にしてあげるとメモリにやさしい

表示されたら
Plugins - ManualTracking
を起動して、さあ本番だ。

まず一番下の数値をいじる。詳細なデータでなくていい、そんなことよりトラッキングだ!の人は必要なし。
今回の場合は、
xy軸の縮尺
各写真のインターバル
を設定。

そしたらいよいよトラッキング。
Add track
をクリックして、写真のトラッキングしたい所をクリック。
次の写真に自動で移ったら成功。どこまでもトラッキングだ!
自動で移らなかったあなたはおそらく8bit変換かファイル選択時に
out of memory
とでているでしょう。写真の容量が大きすぎて最後読み込めなかったってことです。
ガンバレ!

で、終わったら点と線でつながれたやつがでてくるので、スカサズスクショ。
後からも画像で保存できる(らしい)けど勉強中。
トラックした結果はテキストで保存するとRとかでまたグラフ化できてgood。

2014年4月25日金曜日

Port:画像の変換

スクショなどの画像を他のepsなど拡張子に変換する方法

ちょっとわからんかったのでggってみた
すると、ImageMagicなるものがあるらしい・・・?

どれどれ、
sudo port search ImageMagic
してみると

ImageMagick @6.8.9-0 (graphics, devel)

    Tools and libraries to manipulate images in many formats

おお!あるやんけ
ではでは
sudo port -v install ImageMagick #-vはバグのでないおまじない
でインストール!

するすると依存系が入っていき、ささっとインストール完了。

で、ためしに
convert input.eps output.png
してみる

convert: iCCP: extra compressed data `input.eps' @ warning/png.c/MagickPNGWarningHandler/1832.
convert: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited `input.eps' @ warning/png.c/MagickPNGWarningHandler/1832.

ムム、適度なエラー。でもちゃんとできてるみたいだ。


2014年3月3日月曜日

Latex:数式(同位体ver.)

同位体の値を修正する時に使う式

dX=(Rsamples/Rstandard -1) × 1000

は、行を変えて


\[ \delta X = (\frac{R_{sample}}{R_{standard}}-1) \times 10^{3} \]

でだいたい大丈夫。
細かいところは、まぁ、察して。

R:作業ディレクトリの移動

いちいち
q()
でRを終了して作業ディレクトリを探して・・・
みたいなトーシロ的作業はおしまい!

setwd(“../wd1/“)